Andrea Baldinotti si è formato con Carlo Del Bravo, professore dell’Università degli Studi di Firenze.
Si è occupato di vari argomenti, soprattutto di pittura toscana dell'Ottocento (ha curato con Vincenzo Farinella la mostra: Egisto Ferroni e la pittura dei campi, Livorno 2002), e del Seicento (ha curato con Riccardo Spinelli e Bruno Santi, la mostra: Giovanni Martinelli pittore di Montevarchi, maestro del Seicento fiorentino, Montevarchi 2011).
Su Masaccio ha scritto un saggio sull'iconografia degli affreschi Brancacci nel 2002 all'interno del volume: Masaccio e Masolino: il gioco delle parti.