Roma, 8 settembre 1943.
Dopo l'armistizio con gli Alleati, Roma è territorio occupato dalle truppe tedesche. Solo lo Stato Vaticano mantiene la sua neutralità. Da quando anche il Re d'Italia è fuggito, Pio XII (James Cromwell) è l'unico punto di riferimento per la città. Una scaramuccia tra truppe tedesche e civili dà il polso di una situazione che può esplodere da un momento all'altro.

Sul teatro degli scontri, nasce l'amicizia tra un giovane partigiano, Marco (Ettore Bassi) e Davide (Marco Foschi), ragazzo ebreo che vive di espedienti. Davide è innamorato di una ragazza del ghetto di nome Miriam (Alessandra Mastronardi) che fa di tutto per scoraggiarlo. La giovane non approva lo stile di vita superficiale ed egoistico di Davide e sembra favorire il partigiano Marco, suo vecchio compagno di studi.

In Vaticano, il Papa si prodiga per risparmiare a Roma gli orrori della guerra e convoca il generale Stahel (Holger Daemgen), generale capo della piazza militare di Roma. Facendo appello alla sua coscienza cristiana, il Papa trova nel militare tedesco un insperato appoggio. Ma Stahel è in minoranza nel comando tedesco a Roma. Karl Wolff (Mathias Hermann), l'ambizioso comandante delle SS in Italia, sta discutendo della cosiddetta "soluzione finale della questione ebraica" che dovrà essere applicate anche a Roma. La prima mossa sarà la richiesta di 50 chili d'oro alla comunità ebraica, quale prezzo della sua incolumità. Il Papa stesso ha dato piena disponibilità a colmare un eventuale disavanzo, ma non ce n'è bisogno. La comunità raggiunge il peso d'oro richiesto anche grazie ad una misteriosa donazione dell'ultimo momento, di cui Miriam scopre in Davide l'artefice. Colpita da questo gesto di generosità nascosta, Miriam ammette finalmente il suo amore per Davide. Ma il pericolo non è sventato, la richiesta d'oro è stato solo un diversivo. All'alba del 16 ottobre le truppe tedesche rastrellano il ghetto. Oltre mille le persone arrestate, tra cui il padre ed il fratellino di Miriam che, invece, si salva miracolosamente proprio come Davide nascostosi fortunosamente ai tedeschi. Appresa la notizia della retata, il Papa fa pressione su Stahel attraverso Padre Pancrazio Pfeiffer (Miguel Herz - Kestranek), il quale ottiene la cessazione dei rastrellamenti.

Gli ebrei rastrellati vengono tradotti alla stazione Tiburtina su un treno con destinazione ignota. Miriam si precipita là, ma fa appena in tempo a vedere suo padre allontanarsi per sempre. Intanto, Davide è alla disperata ricerca della sua amata, ma è costretto a desistere e trovare rifugio nel convento del Sacro Cuore, dove ritrova Marco. Intanto il Papa non nasconde la sua angoscia: si è sempre affidato alla via diplomatica, ma si può scendere a patti con il Male? Pio XII non può fare a meno di ritornare con la mente al dramma dei vescovi olandesi la cui denuncia delle violenze naziste  aveva provocato un inasprimento delle persecuzioni. In quella circostanza Pio XII, già sul punto di far sentire la sua voce, aveva alla fine rinunciato: quale più feroce rappresaglia avrebbe scatenato Berlino, se, invece dei vescovi, fosse stato il Papa a condannare il regime?