Nei conventi e nelle chiese della capitale i rifugiati sono decine di migliaia e Pio XII in persona predispone che non manchino aiuti e supporto materiale. In Curia qualcuno mormora temendo che sia messa a rischio la neutralità dello Stato Vaticano stesso, ma Pio XII non sente ragioni e continua nella sua azione facendo nuovamente pressione su Stahel per consolidare l'inviolabilità extraterritoriale delle istituzioni ecclesiastiche dove, fra gli altri, vi sono rifugiati moltissimi ebrei.

Davide è al sicuro al convento ma non riesce a darsi pace: deve ritrovare Miriam. La ragazza, svuotata di ogni speranza ha trovato impiego in incognito come cameriera presso una villa occupata dai tedeschi. Intanto al comando tedesco si progetta sempre più concretamente di rapire il Papa e stroncare anche in questo modo tutta la rete di sostegno che ad ebrei e ricercati sta offrendo la Chiesa di Roma. Stahel è l'unico che considera una follia attentare alla libertà di Pio XII, ma ormai il suo appoggio alla Santa Sede è troppo evidente e il suo trasferimento sul fronte russo conseguenza fatale.

In Vaticano, Monsignor Montini (Cesare Bocci), fidato collaboratore del Papa, appreso del rischio che Pio XII possa essere rapito, lo invita a lasciare la città al più presto, ma il Papa rifiuta categoricamente: il suo posto è Roma. Con l’aiuto di Marco, Davide riesce a introdursi nella villa tedesca, trovare Miriam, ancora traumatizzata, e condurla via con sé. I tre fanno ritorno al convento, dove, padre Pfeiffer, in vista di un'eventuale irruzione, accetta che anche i civili indossino abiti religiosi. Quando una squadra di nazifascisti irrompe effettivamente nel convento, Miriam, Davide e  Marco, riescono ancora una volta a salvarsi. Ma poi, mentre gli alleati sono alle porte di Roma ed i tedeschi si preparano a dare battaglia "strada per strada", Marco fugge dal convento per unirsi ai partigiani dopo aver saputo dell'attentato di via Rasella. Davide si getta alla ricerca dell'amico, ma non riesce ad evitare che venga ucciso dai tedeschi proprio fuori dalle mura del convento.

È l'ultimo sussulto di un'occupazione che si avvia alla conclusione sotto la pressione dell'avanzata alleata. Il comando tedesco è in smobilitazione e il generale Wolff si reca dal Papa per pregarlo di trattare una pace separata fra la Germania e le potenze alleate. Il Papa non può che declinare ma, invece, prima di benedirlo chiede a Wolff di risparmiare la città durante la ritirata. Commosso dal Giudizio Universale della Cappella Sistina, Wolff accoglie in toto le richieste del pontefice. Mentre Davide e Miriam si sposano secondo il rito ebraico, le truppe americane entrano in città. Roma è finalmente libera, in Piazza San Pietro si riversa un'enorme folla di romani grati a quel Papa che non li ha mai abbandonati.